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从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够
在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习。总得来说,从GEO数据库里面得到感兴趣数据集的表达矩阵分成两类,最简单的就是直接下载作者归一化好的表达矩阵咯,比较麻烦的就是下载最原始芯片数据,然后根据不同的芯片来一一解读成表达矩阵。首发于生信菜鸟团博客:http://www.bio-info-trainee.com/2087.html直接下载数据集作者上传的表达矩阵通常我们默认作者对其芯片数据处理的步骤是正确的,所以稍微掌握技巧即可下载其归一化的表达矩阵。而且,我已经把下载GEO数据集的表达矩阵这个过程包装成了函数,如下:downGSE
2018年6月12日