Bioconductor注释专题：MeSHDb

MeSH(Medical Subject Headings)是一个生命科学领域综合的vocabulary，美国国家图书馆用来手动索引MEDLINE/PubMed文章，一共包含了19个目录，MeSH.db包含了其中的16个，详细信息见下图。

Mesh term通过三种方式与Entrez Gene ID相互关联：

MeSH.db提供了MeSH ID 和 Entrez Gene ID两者之间的联系

安装MeSH.db包

 ## try http:// if https:// URLs are not supported

1. source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

2. biocLite("MeSH.db")


3. library(MeSH.db)


调用查看MeSH.db包

1. library(MeSH.db)


2. dbInfo(MeSH.db)


这里告诉了我们包的时间和来源等信息

在bioconductor搜索包MeSHDbi，可以看到MeSH.db类型的包有80个，每一个都代表MeSH.xxx.eg.db都代表一个物种的Mesh包，对应的物种和缩写可以查阅：http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html

MeSH.db用法

MeSH.db主要包含了四个函数 : columns, keytypes, keys 和 select .

columns,keytypes可以查看列名：

1. cls <- columns(MeSH.db)
kts <- keytypes(MeSH.db)


下面会介绍每列代表的含义。

keys用来提取MESH中某一列的信息：

1. kt <- kts[2]


2. kt
ks <- head(keys(MeSH.db, keytype=kts[2]))

select可以查看所有列

1. res <- select(MeSH.db, keys=ks, columns=cls, keytype=kt)


2. head(res)

这里显示了MESH.db每一列的内容，我们可以看看MESH.db中包含了哪16类CATEGORY，可以查询第一张图，比如“D”就表示

Chemicals and Drugs

MeSH中MeSHID和qualifierID转换

假设我现在有100个MESHID如下，要转换为 qualifierID

1. ks$QUALIFIERID <- res[match(ks$MESHID,res$MESHID),"QUALIFIERID"]


2. head(ks)

参考资料：

http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/manuals/MeSH.Hsa.eg.db/man/MeSH.Hsa.eg.db.pdf

http://mp.weixin.qq.com/s/NzXxCZBYXuZm7eEC_QRJyQ

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