R txdb创建与读取
txdb初识
谈到txdb，我们不得不提两个包，"GenomicFeatures"和“Txdb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene”,这两个包都是用来创建Txdb对象。当然有的人用的是hg19，我这里采用最新的hg38，操作函数都是一样的，只是所包含的信息更多。
使用R加载两个包
首先，我们先把这两个包安装起来，接下来一步步来看Txdb究竟是什么东西
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("GenomicFeatures")
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene")
1.第一步,查看GenomicFeatures所包含的txdb对象，实际上只是下面一个包的子集，
查看所有的信息，我们需要加载第二个包
samplefile<- system.file("extdata",
"hg19_knownGene_sample.sqlite", package="GenomicFeatures")
txdb<- loadDb(samplefile)
可以看到其只包含178个转录本，620个外显子，信息是很少的
2.接下来我们要加载hg38全部基因组信息
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
txdb
这里面有几个最常见的函数：
genes(txdb)
exons(txdb)
transcripts（txdb）
cds（txdb）
可以看到genes函数，提取24183个基因信息，
exons(txdb)
而用exons函数可以提取这个txdb对象的exons信息，共289969个exon
transcripts(txdb)
可以提取转录本信息，共197782个转录本
还有cds函数等来提取到cds的信息
这里的图片我就不一一展示了，感兴趣的同学，可以自己试一下，其他函数
注意一点：无论什么函数返回的对象都是一个Granges对象
如何创建txdb对象
1. 创建TXdb对象
这里我使用了makeTxDbFromUCSC函数
函数 makeTxDbFromUCSC用来下载UCSC Genome Bioinformatics 转录本信息
mm9KG_txdb <- makeTxDbFromUCSC(genome="mm9", tablename="knownGene")
saveDb(mm9KG_txdb, file="fileName.sqlite")
这样我们就创建了一个小鼠的txdb对象
如何加载txdb对象
mm9KG_txdb <- loadDb("fileName.sqlite")
这样一条命令就可以了。
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