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“义诊”

生信技能树 生信技能树 2022-06-06

朋友圈医务工作者不少,经常看到各个疾病方向的义诊通知,各大城市均有,很佩服大家,而且我表示实名羡慕。虽然我不是学医的,但是也可以从另外一个层面帮助一下大家,我也来一个义诊。那就是我们生信技能树最擅长生物信息学方面的“义诊”啦!

大家都知道,因为深度依托于生物学,所以生物信息学也是复杂的不要不要的,比如目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库,TCGA数据库就至少包含8种数据

  • DNA Sequencing

  • miRNA Sequencing

  • Protein Expression array

  • mRNA Sequencing

  • Total RNA Sequencing

  • Array-based Expression

  • DNA Methylation array

  • Copy Number array

大部分科研课题组其实做不到每种数据都精通,更别说很多课题组人员流失严重,技术断层现象普遍,导致不是课题进展缓慢,文章发不出去了或者被抢发,甚至几百万科研经费就打水漂。

在做知识整理和分享的这6年,类似的现象和求助我早日见怪不怪了!大多数情况下,我能做的真的很少,虽然大家求助的时候看起来都情深意切,但是我们双方都知道,我并不提供科研服务也不可能全身心投入到本来也不属于你的课题,作为咨询者的你,一份简陋的邮件很的可能上其实就是病急乱求医罢了。

如果你恰好有不确定的测序课题设计问题,恰好有不确定的数据分析流程的步骤软件参数阈值选择问题,或者其它觉得我可以帮到你的,而且你又恰好在这个时间段,在上海(11月23号周六下午3-6点,上海张江高科),可以过来参加我们的生物信息学的“义诊”。

义诊规则

既然说了是“义诊”,那必须是免费的啦!不过,我们交流的形式是公开的,所以如果你的课题是高度机密,请留意明天的通知,这个“义诊”就不适合你啦!

时间肯定是不能变化的,我大老远飞去上海,总共就十几个小时时间,必须是你迁就我!

具体地址我还没有确定,根据参加人数来临时决定,肯定是在上海张江高科区域啦,毕竟我在那边工作生活了一年多, 还是蛮有感情的!

因为是第一次,所以我也不确定会是一种什么样的形式,你我将共同创造历史!

申请规则也非常简单,因为是“义诊”所以需要加上一点门槛,你需要邮件(jmzeng1314@163.com)写清楚你的问题,我会根据问题的价值,凭我自己的感觉来挑选朋友参加我们的义诊活动!如果你确实时间地点都不合适参加我们的义诊,也可以考虑根据下面的规则来邮件(jmzeng1314@163.com)提问,也有一定几率能获得答疑!

image-20191112100253312

下面是一些实例

比如代码细节问题:

1、比对率低于多少这个样本可以剔除掉,因为在hisat2比对的时候有几个样本就77%,有几个是85%,其他基本在90%以上(绝大多数在95%以上),你这边有没有可供参考的文章
2、nohup重定向中,nohup ./start.sh &    默认输出到nohup.out文件
nohup ./start.sh >output 2>&1 &  指定输出到output文件
如果追加的话是nohup ./start.sh >>output 2>&1 & 但是2>&1是什么意思,因为在网上看的时候有些人又不加这个,是因为循环的问题吗
3、如果用trim_galore用同样的参数对样本【已经用相同参数处理过一次】再处理,结果是不是不会变化
4、同时运行相同的命令会出现问题吗:因为在运行的过程中一时没注意同时运行了如下命令(类似):samtools sort -@ 20 -o test.sort.bam test.bam 和 samtools sort -@ 30 -o test.sort.bam test.bam;最后结果是3g,然后我后来单独运行后的结果也是3g。我就默认是一致了,想问我的想法是对的吗,因为按理说应该是覆盖的关系,但是这种同时运行我就不清楚了。
5、sed -n '1,217p' bam.txt | while read id;do (nohup samtools sort -@ 30 -o ${id%.*}.sort.bam $id );done 在前台运行的程序ctrl + z暂停后然后用bg %1后台挂起运行,但只运行了一会,进程就消失了,这是为什么。

比如流程选择问题:

我现在在做六组rnaseq的特异基因分析(看每一组相对其他组的高表达),deseq2的统计原理是t-test,并不适用,我觉得应该用anova的统计方法。请问我该用什么方法呢?
    现在我知道的是有一个k-means分组,还有deseq2老版本里面有一个anova函数但是新版本中已经删掉了,不知道这两种方法科学合理吗?或者有其它应该用的方法?

或者是绘图问题,做完GSEA之后想把多个信号通路图绘制在一起:

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比如网页工具问题:

1.现在官方CIBERSORT网站,无法上传数据,请问有没有什么办法可以使用CIBERSORT     
 2.我们实验室有一组肿瘤的芯片表达谱,我想比较这组芯片和TCGA上的RNAseq得到的免疫浸润情况,请问是否可行,及对数据的处理方法。

比如数据分析实战问题:

使用getGEO下载GSE129816数据时下载得到的矩阵文件,在执行exprSet=exprs(gset)这一步时得到的是一个空的矩阵。我看了一下文件大小就不对,并不是下载时出了问题,直接打开后里面也没有具体每个样本的表达矩阵。
然后我直接下载原始数据,他给出的原始数据是excel形式的,附件里有。使用平台是GPL13112,这个平台我没有找到对应的R包,而且原始文件给出的好像不是探针号,使用getGEO('GPL13112',destdir =".")后,Table(GPL13112)依然得到一个空的矩阵,我尝试了一下这个平台其他的一些测序数据,都是这样,没法进行下一步了,我想问下像这种数据集该如何分析。
我是北京协和医学院一名研二在读学生,看了您的教程后在尝试分析一些跟我课题相关的数据

也可以是资源申请,我这里有几百个T的生物信息学资料,基本上你想要的,我这里都有,如果没有,我也可以找十万粉丝帮你收集!

同时招收志愿者

因为我也没有组织过义诊,而且已经好些年没有回上海了,不是很熟悉那边的情况,如果你想全程参与,深度参与我们的义诊活动,欢迎报名参加志愿者!同样的是需要邮件(jmzeng1314@163.com)申请,志愿者至少可以获得无限生物信息学资料吧,还有优先提问机会一个!

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